Shopify確定申告ソフト3選｜Stripe決済の自動仕訳を解説

ShopifyとStripeの確定申告、手作業での仕訳は限界ですか？

ShopifyでECサイトを運営し、決済にStripeを利用している個人事業主や小規模法人の皆様、日々の経理処理に時間を奪われていませんでしょうか。特に、Shopifyの売上データとStripeからの入金額が一致せず、その差異を一つひとつ確認する作業は、想像以上に労力を要します。Stripeから天引きされる決済手数料、販売時の送料、消費税などの細かな取引を手動で仕訳していく作業は、ヒューマンエラーのリスクを高めるだけでなく、貴重なビジネス時間を浪費する大きな要因となります。

本記事では、このような課題を抱える皆様に向けて、ShopifyとStripeの連携を前提とした確定申告の効率化について論理的に解説します。API連携によるデータ自動取得と、柔軟な自動仕訳ルール設定が可能な会計ソフトに焦点を当て、各ソフトの機能を徹底比較。皆様のビジネス状況に最適な選択肢を導き出すことをゴールとします。

Shopify事業者の確定申告を効率化する3つの必須機能とは

ShopifyとStripeを利用する事業者が確定申告を効率的に行うためには、特定の会計ソフト機能が不可欠です。ここでは、その中でも特に重要な3つの機能を解説します。

機能1：API連携によるデータ自動取得 – CSVインポートとの違いとメリット

確定申告業務の効率化の第一歩は、データの自動取得です。多くの会計ソフトでは、ShopifyやStripeからのCSVデータをインポートする機能を提供していますが、真の効率化を実現するのは「API連携」です。

API連携の最大のメリットは、手動でのデータダウンロードやアップロードが不要になる点にあります。設定一度行えば、日々の売上データ、決済情報、手数料などが自動的に会計ソフトへ取り込まれます。これにより、データ入力ミスを根本的に排除し、作業時間を大幅に削減することが可能です。CSVインポートは一時的な対応には有効ですが、継続的な運用を考えるとAPI連携が圧倒的に優位であると言えます。

機能2：売上と手数料の自動仕訳 – Stripeから天引きされる手数料をどう処理するか

Stripe決済では、売上金額から決済手数料が天引きされて入金されるのが一般的です。このため、入金された金額だけを売上として計上すると、正確な会計処理が行えません。本来の売上高と、発生した支払手数料をそれぞれ正確に計上する必要があります。

自動仕訳機能が優れている会計ソフトであれば、Stripeからの入金データを取り込む際に、売上と手数料を自動で判別し、適切な勘定科目へ振り分けてくれます。これにより、個別の取引ごとに手動で手数料を計算し、仕訳を修正する手間が不要となり、大幅な効率化と正確性の向上が見込めます。

機能3：柔軟な「仕訳ルール設定」- 摘要や取引内容に応じた勘定科目の自動振り分け機能の価値

API連携と自動仕訳機能だけではカバーしきれない、事業特有の取引や複雑な仕訳に対応するために重要なのが「仕訳ルール設定」機能です。この機能は、特定のキーワード（例：「Stripe」「送料」「広告費」など）や取引内容、金額などの条件に基づいて、自動的に勘定科目を振り分けたり、摘要を付与したりすることを可能にします。

例えば、「取引内容に『Stripe』が含まれる入金は、一部を『売上高』、残りを『支払手数料』とする」「特定の配送業者からの請求は『荷造運賃』とする」といった具体的なルールを設定できます。これにより、一般的な自動仕訳では対応が難しい細かな取引も、一度設定すれば恒久的に自動化でき、経理処理の精度と効率を飛躍的に向上させます。

【機能比較】Shopify・Stripe連携に強い確定申告ソフト3選

ShopifyとStripeを利用する事業者の経理効率化に貢献する主要な確定申告ソフトとして、「freee会計」「マネーフォワード クラウド確定申告」「弥生会計 オンライン」の3つを比較検討します。

比較項目	freee会計	マネーフォワード クラウド確定申告	弥生会計 オンライン
Shopify連携	API連携（自動同期）	API連携（自動同期）、CSVインポート	CSVインポート
Stripe連携	API連携（自動同期）	API連携（自動同期）、CSVインポート	CSVインポート
手数料の自動仕訳	高精度（自動推測、天引き分も自動処理）	高精度（柔軟なルール設定により対応）	手動設定、基本的なルール設定
仕訳ルールの柔軟性	直感的な設定、テンプレート豊富	詳細設定可能、条件分岐など高度なカスタマイズ	基本的なルール設定
対応プランと料金	スターター（月額2,680円〜）	パーソナルライト（月額1,280円〜）	セルフプラン（月額880円〜）
強み	UIの分かりやすさ、自動化レベル、簿記初心者向け	連携サービスの豊富さ、カスタマイズ性、複数事業向け	コストパフォーマンス、会計ソフトとしての基本性能

freee会計：UIの分かりやすさと連携の自動化レベルが強み。簿記初心者向け。

freee会計は、その直感的なUIと、銀行口座やクレジットカード、各種サービスとのAPI連携による高い自動化レベルが特徴です。特に簿記の知識が限定的な個人事業主にとって、取引データの自動取得から仕訳の提案までの一連の流れは大きなメリットとなります。ShopifyやStripeとのAPI連携も強力で、売上と手数料の自動判別精度も高く、経理業務の負担を大幅に軽減します。

マネーフォワード クラウド確定申告：連携サービスの豊富さと仕訳ルールのカスタマイズ性が特徴。複数事業を持つ中級者向け。

マネーフォワード クラウド確定申告は、連携できる金融機関やサービスの種類が非常に豊富であり、複数のECモールや決済手段を併用している事業者にとって特に有効です。仕訳ルールのカスタマイズ性が高く、複雑な取引や事業特有の勘定科目にも柔軟に対応できます。ある程度の簿記知識があり、自身の事業に合わせて細かく設定を最適化したい中級者向けのソフトと言えるでしょう。

弥生会計 オンライン：コストパフォーマンスと会計ソフトとしての基本性能の高さが魅力。簿記知識がある方向け。

弥生会計 オンラインは、長年の実績を持つ弥生シリーズのオンライン版であり、会計ソフトとしての基本性能が非常に高いのが特徴です。他の2社と比較して月額料金が抑えられており、コストパフォーマンスを重視する事業者に適しています。ただし、ShopifyやStripeとのAPI連携については、CSVインポートが主な対応となる場合が多く、自動化レベルはやや劣る可能性があります。簿記の知識があり、自身で仕訳ルールを細かく構築できる事業者であれば、安価に高機能な会計処理を実現できます。

もう迷わない！Stripe決済の自動仕訳ルール設定【具体例】

Stripeからの入金は、売上と決済手数料が混在しているため、正確な仕訳には工夫が必要です。ここでは、会計ソフトの「仕訳ルール設定」機能を活用した具体的な自動仕訳例と、その設定方法を解説します。

Stripeからの入金時に発生する「売掛金の消込」と「支払手数料の計上」を同時に行う仕訳例

一般的なStripe決済の取引は、以下の2つの要素に分解できます。

1. 売上高の計上: 顧客が商品を購入した時点（または発送時点）で、売掛金として計上します。
2. Stripeからの入金: Stripeから銀行口座に入金があった際、売掛金を消し込み、同時に決済手数料を「支払手数料」として計上します。

この一連の処理を自動化するためのルール設定のイメージは以下のようになります。

仕訳例:
* 顧客からの注文時:
* (借方) 売掛金 10,000円 / (貸方) 売上高 10,000円
* Stripeからの入金時 (例: 決済手数料200円が引かれ、9,800円入金された場合):
* (借方) 普通預金 9,800円
* (借方) 支払手数料 200円
* (貸方) 売掛金 10,000円

会計ソフトのルール設定画面をイメージした具体的な設定方法

多くの会計ソフトでは、銀行口座の取引明細に表示される「摘要」や「取引内容」を条件として、自動仕訳ルールを設定できます。

設定例：
1. 条件設定:
* もし、取引内容に「Stripe」が含まれていたら、
* かつ、取引が「入金」であった場合、
2. 仕訳処理:
* 勘定科目： 借方「普通預金」 / 貸方「売掛金」
* 金額： 入金額
* 摘要： 「Stripe決済入金 (決済手数料を除く)」
* 追加処理： 同時に、入金額の一定割合（例: 2%など、Stripeの手数料率）または固定額を「支払手数料」として計上するルールを設定します。多くのソフトでは、入金額から自動で手数料を逆算して仕訳を分割する機能が提供されています。

*具体的なルール設定例 (freee会計の場合のイメージ):*
「St口座の明細に『Stripe』という文字が含まれる取引は、自動で『売掛金』を消し込み、自動で計算された決済手数料を『支払手数料』として計上する」

海外からの売上がある場合の「為替差損益」の処理方法など、応用的なルール設定

Shopifyで海外からの売上がある場合、Stripeを通じて入金される際に為替レートの変動により「為替差損益」が発生することがあります。これも仕訳ルールで自動化が可能です。

設定例：
* 条件設定:
* もし、取引内容に「Stripe」と「USD」など外貨に関するキーワードが含まれていたら、
* 仕訳処理:
* 通常の売掛金消込と支払手数料計上に加え、売上計上時の為替レートと入金時の為替レートの差額を自動で「為替差益」または「為替差損」として計上するルールを設定します。この機能は高度なため、対応しているソフトやプランを確認する必要があります。

設定でつまずきやすいポイントと、その解決策

• ポイント1：手数料率の変動への対応
  • Stripeの手数料率はプランや決済方法によって変動することがあります。固定の手数料率でルールを設定すると、実際の金額と乖離が生じる可能性があります。
  • 解決策： 可能であれば、会計ソフトが提供するStripe連携機能で、手数料額を直接取得できるものを選ぶか、手数料率ではなく明細から手数料項目を自動認識できるソフトを選ぶと良いでしょう。
• ポイント2：複数の決済手段との混同
  • ShopifyではStripe以外の決済手段も利用可能です。それぞれの決済手段で異なる手数料がかかるため、ルール設定時に混同しないよう注意が必要です。
  • 解決策： 各決済手段からの入金明細に固有のキーワード（例：「Stripe」「PayPal」「Amazon Pay」など）があることを利用し、それぞれに特化したルールを設定します。

論理的な選び方：あなたの事業フェーズに最適なソフトは？

3つの会計ソフトを比較しましたが、最終的にどのソフトを選ぶかは、あなたの事業フェーズや経理への関与度によって異なります。

ケース1：EC事業を開始したばかりの個人事業主 → まずは連携が簡単な「freee会計」から試すのが合理的。

EC事業を始めたばかりで、経理の知識も時間も限られている個人事業主の方には、freee会計が最も合理的な選択です。UIが直感的で分かりやすく、簿記の知識がなくても質問に答える形式で仕訳を進められるため、経理業務への心理的ハードルを大きく下げることができます。ShopifyやStripeとのAPI連携もスムーズで、自動化の恩恵をすぐに享受できるでしょう。

ケース2：複数のECモールや決済手段を利用している法人 → 連携先の多さとカスタマイズ性で「マネーフォワード クラウド」が優位。

Shopify以外にも複数のECモール（例：楽天市場、Amazon）に出店していたり、Stripe以外の多様な決済手段（例：PayPal、銀行振込など）を利用していたりする法人には、マネーフォワード クラウド確定申告が優位です。連携できるサービスの種類が圧倒的に多く、複雑な事業構造でも一元的に管理しやすい点が強みです。また、詳細な仕訳ルール設定により、各チャネルからの入金を適切に処理し、経営状況を正確に把握することが可能になります。

ケース3：コストを最優先し、自身で仕訳ルールを細かく構築したい → 基本機能が充実し安価な「弥生会計 オンライン」が選択肢。

経理の知識が豊富で、コストを抑えつつも会計ソフトの基本機能をしっかりと活用したいと考える方には、弥生会計 オンラインが選択肢となります。API連携による自動化はfreeeやマネーフォワードに一歩譲るものの、CSVインポートと基本的なルール設定を組み合わせることで、十分な効率化を図ることは可能です。自身で細かく仕訳ルールを構築し、コストパフォーマンスを最大化したい場合に適しています。

まとめ：最適なソフト導入で、Shopifyの確定申告を完全自動化へ

ShopifyとStripeでECサイトを運営する事業者にとって、確定申告の効率化は事業成長に不可欠です。APIによるデータ自動取得と、複雑な決済手数料や売上を正確に分けるための「仕訳ルール設定」が、その実現の鍵となります。

本記事で比較した「freee会計」「マネーフォワード クラウド確定申告」「弥生会計 オンライン」は、それぞれ異なる強みと特徴を持っています。
* freee会計は、簿記初心者でも直感的に使える自動化の高さが魅力です。
* マネーフォワード クラウドは、多様なサービス連携と高度なカスタマイズ性で、複雑な事業形態にも対応します。
* 弥生会計 オンラインは、コストを抑えつつ会計の基本をしっかり押さえたい方に適しています。

あなたの事業フェーズや経理スキル、重視するポイントに合わせて最適なソフトを選択することが、確定申告業務の劇的な効率化に繋がります。

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