ふるさと納税 確定申告 e-Tax やり方！完全ガイド【2025】

ふるさと納税で寄付を行った際、「確定申告」が必要となるケースがあることをご存知でしょうか。特に、効率性や正確性を重視する方にとって、国税庁が提供する電子申告システム「e-Tax」は、その機能性から最適な選択肢と言えます。

本記事では、ふるさと納税の確定申告をe-Taxで完結させたい方向けに、事前準備から具体的な入力手順、さらにはよくある疑問まで、論理的かつ詳細に解説します。

ふるさと納税の確定申告、e-Taxが「機能的」に最適な理由

ふるさと納税は、応援したい自治体に寄付を行うことで、地域貢献しながら返礼品を受け取り、さらに税金の控除・還付が受けられる制度です。この税金の控除・還付を受けるためには、原則として「確定申告」が必要です（ワンストップ特例制度を利用する場合を除く）。

ふるさと納税と確定申告の基本をおさらい

ふるさと納税で寄付した金額のうち、2,000円を超える部分は、所得税の還付や住民税の控除対象となります。この控除・還付を受けるための手続きが確定申告です。

e-Tax（国税電子申告・納税システム）とは何か

e-Taxとは、国税に関する各種手続きをインターネットを通じて行うことができるシステムです。税務署に出向いたり、書類を郵送したりする手間を省き、自宅やオフィスから24時間いつでも申告・納税ができるのが最大の特徴です。

e-Taxで確定申告を行うことの機能的なメリット

機能・スペック重視の視点から見ると、e-Taxで確定申告を行うことには、以下のような圧倒的な優位性があります。

• 24時間申請可能: 確定申告期間中であれば、深夜や休日でも自分の都合の良い時間に申告作業を進められます。
• 書類提出の省略: 確定申告書や源泉徴収票など、通常は添付が必要な書類の提出が不要になります（原則として5年間の保存義務は残ります）。
• 還付金のスピーディーな支払い: e-Taxで申告した場合、紙で提出するよりも還付金が早期に指定口座に振り込まれる傾向があります。
• 自動計算機能: 確定申告書等作成コーナーの機能により、複雑な税額計算も自動で行われるため、計算ミスのリスクを大幅に低減できます。
• データ連携の利便性: マイナポータル連携や、ふるさと納税の「寄付金控除に関する証明書（XMLデータ）」の読み込みなど、データ連携による入力の効率化が図れます。

これらのメリットは、忙しい現代人にとって、時間と手間を節約し、正確な申告をサポートする重要な機能と言えるでしょう。

【2025年版】e-Taxでふるさと納税確定申告！事前準備リスト

e-Taxでの確定申告をスムーズに進めるためには、事前の準備が不可欠です。ここでは、2025年（令和6年分）の確定申告に向けて必要な準備事項を詳細に解説します。

e-Tax利用に必要なハードウェア・ソフトウェアの確認

e-Taxを利用するには、PCまたはスマートフォン、そしてインターネット環境が必要です。

• PCの場合:
  • OS: Windows 10/11、macOS（推奨環境は国税庁ウェブサイトで確認）
  • ブラウザ: Edge、Chrome、Safariなど（最新バージョンを推奨）
  • ICカードリーダー: マイナンバーカードを読み込むために必要です。非接触型リーダー（PaSoRiなど）が一般的です。
• スマートフォンの場合:
  • マイナンバーカードの読み取りに対応した機種（NFC機能搭載）
  • 「マイナポータルアプリ」のインストール

マイナンバーカードと電子証明書（公的個人認証サービス）の準備

e-Taxでの申告には、マイナンバーカードに格納された電子証明書が必要です。

• 取得: マイナンバーカードは、お住まいの市区町村で申請・取得できます。発行には1ヶ月程度かかる場合があるため、余裕を持って準備しましょう。
• 電子証明書: マイナンバーカードには「署名用電子証明書」と「利用者証明用電子証明書」が標準で搭載されています。確定申告では主に署名用電子証明書を使用します。5年の有効期限があるため、有効期限切れには注意してください。

利用者識別番号の取得方法と注意点

利用者識別番号は、e-Taxを利用するためのIDです。

• 取得方法:
  1. e-Taxソフトまたは国税庁の「確定申告書等作成コーナー」から「e-Taxの開始届出書」を提出することで、オンラインで即時取得できます。
  2. 税務署の窓口で「確定申告書等作成コーナー」を利用したい旨を伝えれば、その場で発行してもらうことも可能です。
• 注意点: 利用者識別番号は大切に保管し、初回利用時には暗証番号の設定が必要です。

ふるさと納税関連の必要書類：寄付金受領証明書、または「寄付金控除に関する証明書（XMLデータ）」の準備と活用

ふるさと納税の確定申告で最も重要な書類が、寄付の事実を証明するものです。

• 寄付金受領証明書: 寄付先の自治体から送付される紙の証明書です。寄付ごとに1枚発行されるのが一般的です。
• 「寄付金控除に関する証明書（XMLデータ）」の準備と活用: 特定のふるさと納税サイト（例：[tax_satofull.name]、[tax_rakuten.name]、[tax_furunavi.name]）を通じて寄付した場合、これらのサイトが発行するXML形式の電子データをマイナポータル連携で取得し、e-Taxに直接読み込むことができます。これにより、複数の寄付先があっても手入力の手間を大幅に削減できるため、機能性を重視するユーザーには強く推奨される方法です。各サイトの利用状況については以下の通りです。
  • さとふる: PayPayポイント付与など、発送の速さと手続きの簡単さが特徴。
  • 楽天ふるさと納税: 楽天ポイントが貯まり、SPUで最大30%還元などポイント還元率が高い。
  • ふるなび: 家電の返礼品が充実しており、ふるなびコイン（Amazonギフト券交換可）が付与される。

その他の必要書類

• 源泉徴収票（給与所得者）: 勤務先から発行されるものです。
• 還付金受取用口座情報: 還付金を受け取る銀行口座の情報が必要です。本人名義の口座を用意しましょう。
• 控除証明書: 医療費控除や生命保険料控除、地震保険料控除など、他の控除を併用する場合はそれぞれの控除証明書が必要です。

最新情報：2025年の確定申告期間と、還付申告の特例期間

• 確定申告期間（原則）: 2月16日～3月15日（2025年の確定申告は、2024年1月1日～12月31日の所得が対象です）。
• 還付申告の特例: ふるさと納税による寄付金控除は、所得税の還付を受けるための「還付申告」に該当します。還付申告は、対象となる年の翌年1月1日から5年間提出可能です。

【画像で解説】e-Taxでのふるさと納税確定申告「入力手順」

ここでは、国税庁「確定申告書等作成コーナー」を利用したe-Taxでのふるさと納税確定申告の具体的な入力手順を解説します。実際の画面は変更される可能性がありますが、基本的な流れは同じです。

(注: ここでは画面イメージの提供はありませんが、操作手順を詳細に解説します。)

1. 国税庁「確定申告書等作成コーナー」へのアクセスから開始

まずは、Webブラウザで「国税庁 確定申告書等作成コーナー」と検索し、公式サイトにアクセスします。
トップページで「確定申告書等の作成」を選択し、「作成開始」ボタンをクリックします。

2. 申告方法の選択：「マイナンバーカード方式（スマホでのe-Tax）」を推奨

申告方法の選択画面では、「マイナンバーカード方式」が最も推奨されます。特に、スマートフォンでのe-TaxはICカードリーダーが不要で手軽なため、「スマホで提出」を選択すると良いでしょう。

• PCでマイナンバーカード方式（ICカードリーダー利用）の場合: 「マイナンバーカードでログイン」を選択し、ICカードリーダーにマイナンバーカードをセットして読み込みを行います。
• スマホでマイナンバーカード方式の場合: 「マイナンバーカードでログイン」を選択し、表示されるQRコードをスマホのマイナポータルアプリで読み取ります。

3. マイナポータルアプリとの連携手順（QRコード認証など）

スマートフォンの場合、国税庁サイトに表示されるQRコードをマイナポータルアプリで読み込み、マイナンバーカードをスマホにかざしてパスワードを入力することで、連携が完了します。この連携により、給与所得の源泉徴収票情報や、ふるさと納税のXMLデータなどを自動で取得できるようになります。

4. 寄付金控除の入力

いよいよふるさと納税の寄付金控除を入力します。

XMLデータ（寄付金控除に関する証明書）を読み込む具体的な手順とメリット

マイナポータル連携が完了していれば、マイナポータル経由で取得したXMLデータを自動的に作成コーナーに読み込むことができます。

1. 「寄付金控除」の項目で、「マイナポータル連携を利用して入力」を選択します。
2. マイナポータル連携で取得可能な寄付金情報が表示されるので、内容を確認し、適用する寄付金を選択して入力します。
3. この方法の最大のメリットは、複数の寄付があっても一件ずつ手入力する手間が不要になり、入力ミスを防げる点です。特に寄付先が多い方には必須の機能と言えるでしょう。

紙の寄付金受領証明書から手入力する場合の入力項目と複数件入力の可否

XMLデータが利用できない、または紙の証明書で入力する場合は、手動で情報を入力します。

1. 「寄付金控除」の項目で、「書面で入力」または「寄付先の追加」を選択します。
2. 入力項目:
   • 寄付先の名称（自治体名）
   • 寄付年月日
   • 寄付金額
3. 複数件の寄付がある場合は、「もう一件入力する」などのボタンで追加できます。全ての寄付金受領証明書を確認しながら正確に入力しましょう。
4. 手入力の場合も、e-Taxでは紙の受領証明書の提出は省略できますが、自宅で5年間保管する義務があります。

5. 医療費控除など、他の所得控除との併用入力時の注意点

ふるさと納税以外の医療費控除や生命保険料控除など、他の所得控除を併用する場合も、同様に各項目で情報を入力します。
入力順序に厳密な規定はありませんが、一般的には、所得控除の入力画面で各控除項目を選択し、それぞれ必要な情報を入力していく形になります。

• 医療費控除は、医療費の合計額や保険金などで補填された金額などを入力し、明細書の添付は省略できますが、保管が必要です。
• ふるさと納税と医療費控除を併用する際の注意点は後述します。

6. 最終確認とデータ送信までのステップ

全ての入力が完了したら、入力内容を最終確認します。

1. 「入力内容の確認」画面で、所得金額や控除額、還付・納付税額が正しく表示されているか確認します。
2. 誤りがあれば、該当箇所に戻って修正します。
3. 確認後、「送信」ボタンをクリックし、電子署名（マイナンバーカードのパスワード入力）を行ってデータを送信します。
4. 送信が完了すると、「送信完了画面」が表示され、受付日時や受付番号が記載されたメッセージが表示されます。この画面を印刷または保存しておきましょう。

7. 添付書類の提出省略に関する詳細（e-Taxのメリット）

e-Tax最大のメリットの一つが、添付書類の提出省略です。源泉徴収票、寄付金受領証明書、医療費の領収書などは、e-Taxで申告すれば原則として提出が不要です。ただし、これらの書類は確定申告書の提出期限から5年間、自宅で保管する義務があります。税務署から提示を求められた際に提出できるようにしておきましょう。

e-Taxとワンストップ特例制度：最適な選択はどちら？

ふるさと納税の控除手続きには、e-Taxでの確定申告のほかに「ワンストップ特例制度」があります。どちらを選ぶべきか、それぞれのメリット・デメリットを比較し、機能的な観点から最適な選択肢を検討しましょう。

ワンストップ特例制度の利用条件と手軽さ

ワンストップ特例制度は、「1年間の寄付先が5自治体以内」で、かつ「確定申告の義務がない給与所得者」が利用できる制度です。申請書に必要事項を記入し、本人確認書類のコピーを添付して、寄付先の自治体に郵送するだけで手続きが完了するため、手軽さが魅力です。

ふるさと納税で確定申告が必要となるケース

以下のような場合は、ワンストップ特例制度を利用できません。

• 6自治体以上に寄付した場合
• 医療費控除や住宅ローン控除（初年度）など、ふるさと納税以外の理由で確定申告が必要な場合
• 自営業者やフリーランス、年収2,000万円以上の給与所得者など、元々確定申告の義務がある場合
• 副業所得があり、確定申告が必要な場合

これらのケースに該当する方は、e-Taxでの確定申告が必須となります。

ワンストップ特例制度申請後に確定申告をする場合の注意点

もしワンストップ特例制度を申請済みであっても、上記のような理由で確定申告が必要になった場合、ワンストップ特例制度は自動的に無効となります。
この場合、確定申告で全ての寄付（ワンストップを申請済みの寄付も含む）を改めて寄付金控除として申告し直す必要があります。一部の寄付だけを申告すると、残りの控除が受けられなくなる可能性があるため、注意が必要です。

それぞれのメリット・デメリットを比較した上で、e-Taxの機能的な優位性を再確認

ワンストップ特例制度は手軽ですが、利用条件に制限があります。一方、e-Taxは事前準備が必要なものの、一度設定してしまえば、寄付先の数や他の控除の有無に関わらず、どんな状況でも確実に、かつ効率的に確定申告を完了できる汎用性と機能的な優位性があります。特に、複数の控除を併用する方や、来年以降もふるさと納税を続ける予定の方は、e-Taxの利用を検討する価値は大きいでしょう。

ふるさと納税と医療費控除をe-Taxで併用する際の「注意点」

ふるさと納税と医療費控除は、どちらも所得控除の一種であり、e-Taxで併用して申告することが可能です。しかし、併用することでふるさと納税の控除上限額に影響が出る場合があるため、注意が必要です。

ふるさと納税と医療費控除の併用は可能であることを明記

まず重要なのは、ふるさと納税（寄付金控除）と医療費控除は、全く問題なく併用できるということです。どちらか一方しか利用できない、ということはありません。

医療費控除がふるさと納税の控除上限額に与える影響と再計算の重要性

医療費控除を適用すると、所得税の課税対象となる所得金額が減少します。
ふるさと納税の控除上限額は、この課税所得金額（住民税所得割額）に基づいて計算されます。
医療費控除によって課税所得が減ると、それに伴ってふるさと納税の控除上限額も減少する可能性があります。

そのため、医療費控除を適用する際は、ご自身の正確な課税所得金額を把握し、ふるさと納税の控除上限額を再計算することが非常に重要です。

(注: ここでは具体的な計算例は参照データにないため、一般的な解説に留めますが、実際の計算では正確な所得と控除額に基づいて計算ツール等を利用することをお勧めします。)

e-Taxでの入力における具体的な手順（寄付金控除と医療費控除の入力順序、明細書の添付方法）

e-Taxの確定申告書等作成コーナーでは、入力画面で寄付金控除と医療費控除の両方の項目が用意されています。入力順序に厳密な規定はありませんが、一般的には、所得控除の入力画面で各控除項目を順番に入力していきます。

1. 医療費控除の入力: まず、医療費控除の項目に進み、1年間の医療費の合計額、保険金などで補填された金額などを入力します。医療費の領収書や明細書は提出不要ですが、5年間自宅で保管が必要です。
2. 寄付金控除（ふるさと納税）の入力: 次に、寄付金控除の項目に進み、ふるさと納税の寄付金額を入力します（XMLデータ読み込みまたは手入力）。

e-Taxでは、それぞれの控除を入力するだけで、システムが自動的に税額を計算してくれます。

併用時の失敗事例とその回避策

• 上限額を超えて寄付してしまったケース: 医療費控除の適用を計算に入れずにふるさと納税を行った結果、控除上限額を超過してしまい、自己負担額が2,000円を超えてしまったという事例があります。
  • 回避策: 医療費控除を受ける予定がある場合は、事前にふるさと納税の控除上限額シミュレーターで、医療費控除適用後の課税所得を考慮した上限額を再確認しましょう。
• ワンストップ特例制度との混同: 医療費控除が必要なにもかかわらず、ふるさと納税だけワンストップ特例制度を利用し、医療費控除のみ確定申告しようとした結果、ふるさと納税分が無効になってしまったケース。
  • 回避策: 医療費控除など、ふるさと納税以外の理由で確定申告が必要な場合は、ふるさと納税も必ず確定申告でまとめて手続きするようにしましょう。ワンストップ特例制度の申請は全て無効になります。

e-Taxふるさと納税確定申告の「よくある疑問と解決策」

e-Taxでのふるさと納税確定申告において、ユーザーが抱きやすい疑問とその解決策をまとめました。

寄付金受領証明書を紛失した場合の対処法

寄付金受領証明書は、確定申告において重要な書類です。紛失してしまった場合は、以下の方法で対処しましょう。

• 再発行を依頼する: 寄付先の自治体に連絡し、再発行を依頼するのが最も確実な方法です。再発行には時間がかかる場合があるため、早めに連絡しましょう。
• 特定事業者発行の「寄付金控除に関する証明書（XMLデータ）」を活用する: 複数のふるさと納税サイト（例：[tax_satofull.name]、[tax_rakuten.name]）を利用している場合、これらのサイトが発行するXML形式の電子データをマイナポータル経由で取得できることがあります。紙の証明書がなくても、このデータがあればe-Taxで申告が可能です。まずは利用したふるさと納税サイトの案内を確認してください。

e-Taxがうまく動作しないときの一般的な解決策

e-Taxのシステムは安定していますが、環境によってはうまく動作しないこともあります。

• 推奨環境の確認: 国税庁のウェブサイトで、お使いのPCやスマートフォンのOS、ブラウザが推奨環境を満たしているか確認しましょう。
• ブラウザ設定の確認: JavaScriptが有効になっているか、ポップアップブロックが解除されているかなどを確認します。
• アプリの再インストール/更新: マイナポータルアプリやe-Taxソフトを利用している場合、最新バージョンになっているか確認し、必要であれば再インストールを試みましょう。
• ICカードリーダーの接続確認: PCで申告する場合、ICカードリーダーが正しく接続され、ドライバーがインストールされているか確認してください。
• 時間帯を変えて試す: 確定申告期間のピーク時はアクセスが集中し、動作が重くなることがあります。時間帯を変えて試すのも一つの手です。
• 国税庁のヘルプデスク利用: どうしても解決しない場合は、国税庁のe-Taxヘルプデスク（電話番号は国税庁サイトで確認）に問い合わせましょう。

確定申告書の提出期限と、還付申告の場合の特例

• 確定申告の提出期限: 原則として、所得のあった年の翌年2月16日から3月15日までです。この期限を過ぎると、青色申告控除額が減額されたり、無申告加算税が課されたりする可能性があります。
• 還付申告の場合の特例: ふるさと納税による寄付金控除は、所得税の還付を受けるための「還付申告」に該当します。還付申告は、対象となる年の翌年1月1日から5年間提出が可能です。例えば、2024年分のふるさと納税は、2025年1月1日から2030年12月31日までの間であればいつでも申告できます。ただし、早めに申告すればその分早く還付金を受け取れます。

電子データの保存義務について（5年間保管の原則）

e-Taxで確定申告した場合、寄付金受領証明書や源泉徴収票などの添付書類の提出は省略できますが、これらの書類の電子データまたは現物を、確定申告書の提出期限から5年間、自宅で保存する義務があります。税務署から提示を求められた際にすぐに出せるように、適切に管理・保管しておきましょう。

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まとめ：e-Taxでふるさと納税を賢く、確実に申告しよう

本記事では、ふるさと納税の確定申告をe-Taxで行う際の、機能的なメリット、事前準備、具体的な入力手順、そしてよくある疑問点について詳細に解説しました。

e-Taxは、24時間いつでも申告が可能で、書類の提出省略や還付金の早期振り込みなど、多くの機能的メリットを提供します。特に、マイナンバーカード方式やXMLデータ連携を活用すれば、これまで煩雑だった確定申告の手間を大幅に削減し、正確性を高めることができます。

事前の準備をしっかりと行い、本記事で解説した手順に従って手続きを進めることで、ふるさと納税による税控除を漏れなく、そして確実に受けることが可能です。不明な点があれば、国税庁のウェブサイトやヘルプデスク、または管轄の税務署に相談し、早めの申告を心がけましょう。e-Taxを賢く活用し、ふるさと納税の恩恵を最大限に享受してください。

レイ＠通信費見直しアドバイザー

「感情論抜きで、一番安くて速いのはどこか？」を徹底検証。

元・家電量販店のスマホコーナー担当。
複雑な料金プランやキャンペーンの「裏の条件」を読み解くのが趣味です。

「なんとなく大手キャリア」で毎月損をしている人を見ると放っておけません。
実測スピードテストと料金シミュレーションに基づいた、忖度のない情報を発信します。
ガジェットと猫が好き。